Первые цари из династии Романовых — Михаил Федорович (1613 — 1645 гг.), Алексей Михайлович (1645 — 1676 гг.) и Федор Алексеевич (1676 — 1682 гг.) предпринимали активнейшие меры к укреплению государственной системы. В XVII в. в России окончательно установилась самодержавная монархия. Параллельно с ростом власти государя усиливался и бюрократический аппарат.

Органы центральной власти Московского государства сложились во времена Ивана Грозного и в XVII в. не претерпели принципиальных изменений. Верховная законодательная, исполнительная и судебная власть принадлежала царю, что подтвердило и Соборное уложение 1649 г. Воля самодержца не ограничивалась ни законом, ни каким-либо государственным органом. Государь являлся помазанником Божиим, связующим звеном между народом и Всевышним. В соответствии с возродившейся после Смуты доктриной «Москва — третий Рим», он воспринимался обществом как защитник православной веры.

Постоянным совещательным органом и непосредственной опорой царской власти оставалась Боярская дума. Лица, входившие в ее состав, носили общее звание думных чинов.
Высшим думным чином считался боярин. Бояре периода Киевской Руси принципиально отличались от бояр Московского государства. Если первые были дружинниками и соратниками князя, то вторых нужно признать царскими слугами и чиновниками. Бояре играли определяющую роль в государственном управлении. Они занимали высшие гражданские посты, руководили армией, служили воеводами в крупнейших городах.

Во второй половине XVII в. количество членов Боярской думы сильно возросло. Управлять ею становилось все сложнее. Поэтому царь Алексей Михайлович часто совещался с Ближней думой, в состав которой входили избранные бояре, думные дворяне и думные дьяки.

Ядром административного аппарата в Московском государстве являлась приказная система. В конце XV — начале XVI вв. приказами называли распоряжения, отдаваемые государем своим приближенным. Но приказы середины XVI — XVII вв. — это постоянно действующие ведомства, отвечавшие за определенные направления государственной деятельности. Первые подобного рода приказы возникли в системе дворцового управления: Казенный и Конюшенный приказы, приказ Большого Дворца и т. д. Внешней политикой занимался Посольский приказ, распределением земель среди служилых людей ведал Поместный приказ, сбором дворянского ополчения и назначением воевод — Разрядный, поимкой преступников — Разбойный и пр. В период правления Алексея Михайловича Тишайшего количество приказов резко увеличилось. В середине XVII в. насчитывалось 53 приказа, а к концу столетия — более 90. Характерными недостатками приказной системы можно назвать отсутствие четкого разделения сфер деятельности, волокиту и взяточничество. Чтобы искоренить их, царь учредил два специальных ведомства — приказ Тайных дел и Счетный приказ. Они подчинялись непосредственно государю и должны были контролировать работу остальных приказов.

Приказная администрация включала в себя приказных судей, приказных дьяков и подьячих. Приказной судья — это окольничий или боярин, поставленный царем во главе ведомства. Название этой должности указывает на то, что ее обладатель имел не только административные, но и судебные функции. Приказной дьяк — чиновник, получавший денежное, а иногда и поместное жалование, на котором лежала ответственность за организацию всей деятельности ведомства (в каждом приказе было несколько дьяков). Подьячие — это низший приказной чин, обыкновенные делопроизводители.

Особое место в системе управления Московским государством XVI — XVII вв. занимают Земские соборы. Земский собор — это сословно-представительный законосовещательный орган. Земские соборы созывались нерегулярно, исключительно по воле государя, они не имели законодательной инициативы и, следовательно, никак не ограничивали самодержавную власть царя. Обычно в них принимали участие Боярская дума, представители высшего духовенства и депутаты от служилых людей. Иногда к участию в заседаниях допускались выборные от горожан, в единичных случаях — от черносошных крестьян. Земские соборы играли важную роль в государственной жизни тогда, когда по каким-либо причинам ослабевала царская власть. Они поддерживали ее своим авторитетом. После окончания Смуты самодержавие неуклонно укрепляется, и в созыве Земских соборов постепенно пропадает необходимость. Некоторые исследователи считают, что последний Собор состоялся в 1653 г. по вопросу о присоединении Украины. Другие ученые называют последним Собор 1682 г., на котором было принято решение об отмене местничества.