Цинское правительство Китая с тревогой наблюдало за быстрым распространением русского влияния на Амуре и предпринимало энергичные меры для его ликвидации. Еще в 1644 г. центральный Китай был завоеван маньчжурами, которые основали свою династию Цин. Занимая все новые земли за пределами своих официальных границ на Северо-Востоке, Цинская империя создавала там административные центры и буферную зону, ограждающую страну от внешнего мира. Появление русских поселений на берегах Амура она расценила как угрозу своему господству на Амуре.

Хотя Приамурье никогда не входило в состав Китайской империи, Цинское руководство стремилось вытеснить Россию из этого региона. Сюда направляются маньчжурские войска. В 1652 г. у стен Ачанского городка, где располагался тогда отряд Е. Хабарова, произошло первое крупное сражение. В нем русские одержали победу; маньчжуры были разгромлены, а казаки в качестве военных трофеев получили пушки, ружья, знамена, продовольствие и снаряжение.

Однако это поражение не остановило Цинское правительство. В 1656 г маньчжуры сосредоточили против русских на Амуре значительные вооруженные силы. После длительной осады были взяты и разрушены Албазинский и Кумарский городки, другие поселения. Край пришел в запустение, негде было покупать хлеб и не с кого было брать ясак. Но как только ушли маньчжурские войска, Амур вновь стал заселяться казаками, беглыми крестьянами. Возродился из пепла Албазин, возникали новые поселения на Зее и в других местах. Расширялась пашня, развивалось животноводство. Амурские поселенцы не только себя снабжали хлебом, но и излишки продавали в Забайкалье. 

Россия не раз пыталась установить добрососедские отношения с Китаем. Но ни миссия Ф.Байкова, ни миссия И.Перфильева и С.Аблина не увенчались успехом. Ф. Байков был встречен в Китае недружелюбно из-за столкновения русских купцов с маньчжурами на Амуре 4 сентября 1656 г. Ему было предложено покинуть Пекин, куда он прибыл с официальной миссией. Первое официальное русское посольство окончилось неудачей. Весной 1658 г. в Китай с торговым караваном было направлено посольство И. Перфильева и С. Аблина, которое не получило аудиенцию у императора, но торговля в Китае каравану была разрешена.
Для урегулирования положения на Амуре и нормализации русско-китайских отношений в феврале 1675 г. в Китай было направлено новое посольство во главе с Н. Спафарием. Переговоры длились с мая по сентябрь 1675 г. На все предложения об установлении нормальных политических и торговых отношений Цинское правительство отвечало отказом. Цинское правительство не только отвергало предложения об установлении дружеских отношений и развитии торговли, но и приступило к враждебным действиям. Главной опорной базой маньчжурской агрессии в Приамурье стал Шеньян (Мукден). В 1674 г. на берегу р. Сунгари был создан опорный пункт - город Гирин, а в 1683 г. - Аргунь против устья Зея. 

С 1683 г. началось вторжение маньчжурских войск на правобережье Амура против Албазинского воеводства. Приказ - вытеснить русских с реки Зея, захватить Албазин и Нерчинск. Первыми подверглись нападению зейские острожки. Все они были уничтожены, две тяжелейшие осады обрушились на Албазинскую крепость.

Для штурма Албазина была создана специальная группа В мае 1658 г. Цинская армия подошла к Албазину. В городе было 450 служилых людей, крестьян и купцов. Маньчжуры предложили сдать крепость без боя, но ответа не получили. Штурм длился несколько дней. Видя, что штурмом острог не взять, противник решил его сжечь. Защитники Албазина вынуждены были начать переговоры с нападавшими, и получили право оставить крепость и уйти в Нерчинск. Это произошло 5 июля 1685 г.

К началу 1686 г. Албазин начал восстанавливаться. Об этом стало известно в Китае. 17 июня 1686 г. маньчжурская армия вновь подошла к Албазину. Началась его вторая осада. До ноября 1686 г. продолжалось сопротивление защитников крепости. Была послана в Пекин русская миссия Н. Венюкова и И. Фаворина. В ходе переговоров было достигнуто соглашение о прекращении осады Албазина и отводе Цинских войск с русской территории. Русские обязались не выходить на Амур для сбора ясака с местного населения. Упорное сопротивление русских на Амуре, а также события внутри империи заставили Цинское правительство согласиться с предложением русского правительства о дипломатическом решении пограничного вопроса в Приамурье. Переговоры решено было проводить по взаимной договоренности в Забайкалье в городе Нерчинске.
 6 сентября (27 августа) 1689 года был подписан Нерчинский договор — первый мирный договор между Россией и Китаем, важнейшая историческая роль которого заключается в том, что он впервые определил и государственную границу между двумя странами. Заключение Нерчинского договора поставило точку в русско-цинском конфликте, известном также как «Албазинская война».